Carpatair được thành lập năm 1999 và bắt đầu hoạt động từ tháng 2/1999 ở Cluj-Napoca, dưới tên Veg Air. Hãng bắt đầu bằng 1 máy bay Yakovlev Yak-40 thuê của Moldavian Airlines. Tháng 12/1999 khi các nhà đầu tư Thụy Sĩ mua 49% cổ phần thì hãng đổi tên thành Carpatair. Hãng do các nhà đầu tư Romania nắm 51% và các nhà đầu tư Thụy Sĩ cùng Thụy Điển 49%. Hãng hiện có 450 nhân viên (tháng 3/2007). Chủ tịch kiêm giám đốc điều hành của hãng hiện nay là Nicolae Petrov[1]. Hiện nay Carpatair là hãng hàng không lớn thứ nhì Romania.